Las existencias de puma, carpincho y ñandú se redujeron drásticamente por la caza intensiva y en este momento son especies protegidas. Al igual que el lobo de río, mamíferos como el zorro gris, el oso hormiguero, armadillos (la mulita, el tatú y el peludo) y diversos roedores son los más comunes entre los mamíferos, pero al igual que los anteriores está vedada su caza. Con respecto al ñandú existe la cría en cautiverio para comercializar su carne y demás productos derivados.
Existen cuatro especies que son consideradas plagas, por lo cual se autoriza la caza:

• El jabalí, también llamado "chancho jabalí"; no es autóctono del Uruguay y fue ingresado al territorio por Aarón de Anchorena (Parque Anchorena), en su estancia. Al no tener control de la cría del mismo se extendió por todo el país, particularmente en las zonas de monte. Es perseguido, ya que en la época de la aparición de ovejas hace matanzas sobre los corderos.
• La cotorra, la cual produce estragos en los cultivos.
• La liebre, también produce destrozos sobre los cultivos.
• El gorrión, el cual no es autóctono de Uruguay, fue introducido por algunos inmigrantes chinos al territorio. Al no tener depredadores naturales que controlaran su reproducción, se multiplicó y dispersó por todo es territorio nacional. Está permitida su caza.